准备和提交医疗器械的生产质量管理系统认证需要以下步骤：

确定认证机构：首先需要确定一个合适的认证机构，可以参考医疗器械生产质量管理规范认证机构名单，选择一个符合企业需求的认证机构。

了解认证要求：需要了解认证机构对于医疗器械生产质量管理系统的认证要求，包括文件准备、现场审核、产品检验等方面的要求。

建立质量管理体系：根据认证机构的要求，建立医疗器械生产质量管理体系，包括质量手册、程序文件、作业指导书等文件，并确保体系的可操作性和有效性。

文件准备：按照认证机构的要求，准备相关文件，包括企业简介、组织结构、产品描述、工艺流程图、质量控制计划等。

现场审核：认证机构会对企业进行现场审核，需要配合审核人员的工作，提供必要的资料和信息，并对审核中发现的问题及时整改。

产品检验：认证机构会对企业的产品进行检验，需要按照要求提供样品，并对检验中发现的问题及时整改。

提交认证申请：在准备好相关文件和通过现场审核及产品检验后，可以向认证机构提交认证申请。

获得证书：如果企业的生产质量管理系统符合认证机构的要求，将会获得医疗器械生产质量管理规范证书。

需要注意的是，在准备和提交医疗器械的生产质量管理系统认证过程中，需要认真对待每一个环节，确保体系的可操作性和有效性，同时积极配合认证机构的工作，及时整改问题，提高产品质量和管理水平。