要在MDR法规下进行针灸理疗仪的CE认证申请，可以按照以下步骤进行：

确认产品的分类和适用的CE认证模块。根据针灸理疗仪的用途、设计和功能，确定其适用的CE认证模块。

对产品进行技术文件的编制。技术文件需要包含产品的技术规格、设计和构造、材料、使用说明、测试报告等信息。

找到合适的认证机构进行申请。可以选择欧洲认证机构或国内认证机构，根据产品的分类和适用的CE认证模块，确定认证机构并联系他们。

向认证机构提交申请并提交技术文件。认证机构会对技术文件进行评估和测试，确认产品是否符合相关CE认证要求。

根据认证机构的要求进行调整和改进。如果产品在评估和测试过程中存在问题或不符合要求，需要进行调整和改进。

完成评估和测试后，认证机构会发放CE认证证书。获得CE认证证书后，可以在欧洲市场上销售和使用产品。

需要注意的是，MDR法规下的CE认证申请流程与之前的CE认证申请流程有所不同，申请过程更加复杂，需要花费更多的时间和精力。因此，在进行CE认证申请之前，需要对MDR法规有充分的了解，并准备充分的技术文件和测试数据。

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