手术器械在日本的PMDA（Pharmaceuticals and Medical Devices Agency）认证办理流程如下所示：

准备技术文件：根据PMDA的要求，准备符合规定的技术文件，包括产品描述、设计和制造信息、性能和安全性评估报告等。

提交认证申请：将技术文件和认证申请材料提交给PMDA。申请可能包括认证申请表格、技术文件、产品样品等。

文件评审：PMDA将对提交的技术文件进行评审，确保其符合日本的法规要求和技术标准。

现场审核：根据需要，PMDA可能进行现场审核，以验证产品的制造过程、质量管理体系和技术性能。

通信和反馈：在评审和审核过程中，可能需要与PMDA进行沟通和交流，回答问题或提供额外的信息。

认证决策和批准：根据文件评审和审核的结果，PMDA将做出认证决策，并颁发相应的认证批准。

请注意，上述流程仅为一般指引，具体流程和要求可能会因产品的分类、风险级别和特殊情况而有所不同。因此，建议您与PMDA或咨询专业的认证咨询公司联系，以获得准确的指导和支持，并了解与您的具体产品相关的认证流程和要求。

此外，根据日本的医疗器械法（Medical Device Act），某些类别的手术器械可能需要进行特定的审批程序，如特殊医疗用具（Specially Controlled Medical Devices）的审批等。因此，对于特殊类别的手术器械，可能需要额外的程序和要求。

如有医疗器械办理需求，欢迎详询。