要将冠核用玻璃离子水门汀出口到马来西亚并进行MDA（马来西亚医疗器械管理局）认证，以下是一般的申请流程概述：

确定产品的分类：根据马来西亚MDA的分类规则，确定冠核用玻璃离子水门汀属于哪个类别，例如类别A、类别B、类别C或类别D。

准备申请文件：根据MDA的要求，准备并整理所需的申请文件。文件内容通常包括产品说明、制造工艺、质量控制流程、成分列表、临床试验数据（如果有）、产品标签等。

提交申请：将申请文件提交给马来西亚MDA进行审查。申请可以透过在线系统或邮寄方式进行。

技术文件评估：MDA将对申请文件进行评估，以确保产品符合马来西亚的法规和要求。评估过程可能需要一定的时间。

实验室测试与评估：根据MDA的要求，可能需要进行产品的实验室测试和评估，以验证产品的安全性、有效性和质量。

制造工厂审核：MDA可能进行对制造工厂的审核，以确保工厂符合马来西亚的要求，例如符合良好生产规范（Good Manufacturing Practice，GMP）。

审核结果与认证证书颁发：MDA审核完成后，将提供审核结果。如果认证通过，MDA将颁发认证证书，表示产品符合马来西亚的要求，可以在马来西亚市场上销售和流通。