要申请全自动电泳仪的FDA认证，您可以按照以下步骤进行：

确定适用的法规：首先，确定适用于您的全自动电泳仪的FDA法规。全自动电泳仪通常属于医疗器械类别，因此，适用的法规可能包括FDA的医疗器械法规，如21 CFR Part 820等。

准备技术文件：准备一份详细的技术文件，其中包括产品描述、设计规范、性能数据、制造过程、风险评估、质量管理体系等信息。技术文件是FDA认证的核心要求之一，它需要包含对产品的技术规格、安全性能、功能特点以及符合FDA法规的证明。

进行风险评估：根据FDA的要求，对全自动电泳仪进行风险评估。这包括识别、评估和控制与产品使用相关的风险。

遵守质量管理体系要求：确保您的制造过程符合FDA的质量管理体系要求。这包括建立和维护符合21 CFR Part 820的质量管理体系，包括过程控制、记录保留、验证验证、设备校准等。

提交510(k)或PMA申请：根据FDA的要求，选择适用的申请类型进行申请。如果您的全自动电泳仪属于预先市场通知（Premarket Notification，510(k)）途径，您需要提交510(k)申请，说明您的产品与FDA已获批准的相似产品之间的相似性。如果您的产品属于更高风险的类别，可能需要提交预先市场批准（Premarket Approval，PMA）申请。

审核和审批：FDA将对您的申请进行审查和评估。他们将审查您的技术文件、风险评估、质量管理体系和申请文件。根据申请类型的不同，FDA可能会要求补充材料或进行现场检查。