要办理分杯处理系统在欧洲MDR（医疗器械监管法规）下的CE认证，您可以按照以下流程进行：

确定适用的认证类别：根据分杯处理系统的特性，确定适用的CE认证类别。MDR将医疗器械分为不同的类别（I类、IIa类、IIb类、III类），根据风险级别和产品特性进行分类。

风险评估和技术文件准备：进行分杯处理系统的风险评估，识别和评估与产品相关的可能风险。根据风险评估结果，准备相应的技术文件，包括技术文件摘要、产品规格、设计文件、性能数据、质量管理体系文件等。

选择并委托认证机构：选择一家经过认可的认证机构进行CE认证评估。这些机构通常被称为公告机构（Notified Bodies），根据产品类别和认证要求选择适合的认证机构，并与其签订认证合同。

认证评估：认证机构将对技术文件进行评估，并可能进行现场审核或样品测试。他们将评估分杯处理系统的符合性，包括设计和制造过程、质量管理体系、性能和安全性等方面。

技术文件审查：认证机构完成评估后，将进行技术文件的审查，并提供认证报告。该报告包含有关分杯处理系统是否符合MDR要求的结论。

发行CE认证证书：如果分杯处理系统符合MDR的要求，认证机构将发放CE认证证书。该证书是分杯处理系统在欧洲市场合规销售和使用的必要证明。