要办理医用膜分离制氧系统的欧洲MDR CE认证，您可以按照以下步骤进行：

确定产品分类：确定医用膜分离制氧系统的产品分类，例如是否属于IIa、IIb或III类医疗器械。

准备技术文件：收集和准备与医用膜分离制氧系统相关的技术文件，包括设计文件、制造工艺、材料清单、性能测试报告、质量控制计划等。

建立质量管理体系：确保您的生产过程符合欧洲MDR的要求，包括建立和维护符合ISO 13485质量管理体系的文件和记录。

进行技术文件评估：将您的技术文件提交给认可的欧洲授权机构（Notified Body）进行评估。认可的机构将评估您的技术文件，包括性能测试结果、风险评估、临床评价等，并验证其符合欧洲MDR的要求。

进行产品审核：认可的机构可能会进行现场审核，以核实您的制造过程和质量管理体系的合规性。

发布CE证书：如果您的技术文件和审核通过，并符合欧洲MDR的要求，认可的机构将发放符合性评价证书（CE证书），确认您的医用膜分离制氧系统符合欧洲市场上销售和使用的要求。