要申请特定电磁波治疗器在美国获得FDA认证，可以按照以下步骤进行：

确定产品分类：确定你的特定电磁波治疗器在FDA的产品分类中属于哪个类别。FDA将医疗设备划分为不同的类别，每个类别有不同的申请要求和程序。你可以查阅FDA的产品分类数据库来确定你的设备所属的分类。

确定适用的法规：确定适用于特定电磁波治疗器的FDA法规要求。这些法规规定了设备的技术要求、安全性要求和测试方法等。你可以通过FDA的官方 网站或咨询FDA的医疗器械部门来获取相关信息。

编制注册申请文件：根据适用的法规要求，编制注册申请文件。这些文件通常包括设备的产品描述、设计规格、技术文件、性能评估报告、安全评估报告等。确保文件中包含充分的技术和科学证据，证明你的设备安全有效。

提交注册申请：将编制好的注册申请文件提交给FDA。提交途径可以是电子递交，如FDA的电子注册系统（eSubmitter），或者以纸质文件形式邮寄给FDA的注册申请部门。

审核和评估：FDA将对你的注册申请进行审核和评估。他们可能会要求补充材料或进行进一步的测试和评估。你需要积极合作并按要求提供所需的信息。

审查决定：一旦FDA完成审核和评估，他们将做出审查决定。如果你的设备符合要求，FDA将发放注册证书，确认你的设备已获得FDA认证。