办理特定电磁波治疗器在欧洲的MDR（Medical Device Regulation）CE认证，可以按照以下步骤进行：

确定设备分类：首先，确定你的特定电磁波治疗器属于MDR中的哪个设备分类。MDR将医疗设备划分为不同的类别，每个类别有不同的要求和程序。你可以参考MDR的规定和相关指南，确定你的设备所属的分类。

确定适用的标准：根据设备分类，确定适用于你的设备的欧洲标准。这些标准规定了设备的技术要求和测试方法。你可以通过欧洲标准化委员会（CEN）或国家标准化机构获取相关标准。

进行技术文件准备：准备一份完整的技术文件，包括设备的设计和制造信息、技术规格、性能评估报告、安全性和有效性证据等。确保文件中包含充分的技术和科学证据，证明你的设备符合欧洲标准的要求。

选择认可的评估机构：选择一家经欧洲认可的评估机构（Notified Body）进行评估和认证。评估机构将审核你的技术文件，并进行现场检查或测试来验证设备的合规性。

进行评估和现场检查：评估机构将对你的技术文件进行评估，并可能要求进行现场检查或测试。他们将确认你的设备符合MDR和适用的标准要求。

发放CE证书：如果你的设备符合要求，评估机构将发放CE证书，确认你的设备已获得MDR CE认证。CE证书是在欧洲市场销售和使用医疗设备的必要证明。