要办理一次性使用无菌颅脑手术头架在欧洲的MDR CE认证，您需要按照以下步骤进行：

确定产品分类：首先，确定该颅脑手术头架属于CE认证的哪一类医疗器械，因为不同类别的医疗器械可能需要遵守不同的认证流程和要求。

准备技术文件：准备一份详细的技术文件，包括产品的设计图纸、材料列表、制造工艺、产品规格和性能等信息。

选择认证机构：选择一家欧洲认可的认证机构，您可以向欧盟委员会认可的通知机构查找合适的认证机构。

进行产品评估：认证机构会对您的技术文件进行评估，确保产品符合欧洲的相关标准和要求。

进行临床评价：对于某些类别的高风险医疗器械，可能需要进行临床评价来证明其安全性和有效性。

编制技术文档：根据评估结果，编制符合CE认证要求的技术文档。

完成自我声明：根据CE认证要求，制造商需要签署符合欧洲要求的自我声明，确认产品符合CE认证标准。

标记CE标志：完成认证后，可以在产品上标注CE标志，并附上相应的文档。