欧洲MDR（Medical Device Regulation） CE认证是针对在欧盟市场销售的医疗器械的认证要求。对于永磁型磁共振成像系统（永磁MRI系统）在欧洲MDR CE认证的办理流程如下：

确定产品分类： 确定永磁MRI系统在欧洲MDR的医疗器械分类，以及所属的风险等级。根据产品的分类和风险等级，确定适用的认证程序。

申请CE认证： 针对永磁MRI系统，通常需要选择进行CE认证的途径是通过欧盟指定的认证机构（Notified Body）进行审核。选择合适的认证机构，并向其提交申请。

技术文件准备： 准备符合欧洲MDR要求的技术文件，包括产品规格、设计文件、性能测试结果、风险评估、临床评估报告等。

审核和评估： 认证机构将对提交的技术文件进行审核和评估，确保产品符合欧洲MDR的要求。

类型检验（如果适用）： 部分高风险产品可能需要进行类型检验，确保产品符合相关的标准和规范。

质量管理体系评估（如果适用）： 对于部分高风险产品，认证机构可能还会评估制造商的质量管理体系，确保其能够持续符合欧洲MDR的要求。

颁发CE证书： 如果永磁MRI系统通过了审核和评估，并符合欧洲MDR的要求，认证机构将颁发CE证书，确认产品可以在欧盟市场上销售和使用。