办理3D内窥镜摄像系统在美国的FDA认证，需要遵循以下步骤：

确定产品分类：首先需要确定3D内窥镜摄像系统属于FDA的哪一类医疗器械。不同类别的医疗器械可能需要遵循不同的注册流程。

准备资料：根据FDA的要求，准备详细的技术文档，包括产品设计和制造流程，性能测试数据，质量管理体系文件等。

注册申请：通过FDA的电子注册系统，提交3D内窥镜摄像系统的注册申请。同时，需要支付相应的注册费用。

临床试验（如果适用）：某些医疗器械可能需要进行临床试验，以证明其安全性和有效性。如果FDA要求进行临床试验，您需要提交相应的临床试验计划和结果。

审核和评估：FDA将审核您提交的资料，并对产品的安全性和有效性进行评估。可能需要与FDA进行进一步的沟通和交流。

获得FDA认证：如果您的申请获得批准，FDA将颁发认证，允许您在美国市场销售和使用3D内窥镜摄像系统。