办理3D内窥镜摄像系统在欧洲的MDR CE认证，需要遵循以下步骤：

确定CE认证类别：首先需要确定3D内窥镜摄像系统属于CE认证的哪一类医疗器械。根据MDR（Medical Device Regulation）的规定，医疗器械分为不同的分类，不同类别的器械有不同的申请程序。

指定认证机构：选择并委托一个欧洲认可的认证机构（Notified Body），该机构将负责对您的产品进行评估和认证。

准备技术文档：根据MDR的要求，准备详细的技术文档，包括产品设计和制造流程，性能测试数据，质量管理体系文件等。

进行风险评估：根据MDR的要求，进行风险评估，确保产品的设计和使用符合欧洲的安全性要求。

申请CE认证：将准备好的技术文档提交给指定的认证机构，申请CE认证。

审核和评估：认证机构将对您提交的技术文档进行审核和评估，可能需要进行现场审核和产品测试。

发布认证证书：如果您的产品符合MDR的要求，认证机构将颁发CE认证证书，允许您在欧洲市场销售和使用3D内窥镜摄像系统。