要办理三晶片内窥镜摄像系统在欧洲的MDR CE认证，需要遵循以下步骤：

确认产品分类： 确定三晶片内窥镜摄像系统属于CE认证的哪个类别。根据欧洲医疗器械法规(MDR)的要求，医疗器械根据风险分为不同的等级，分别为Class I、Class IIa、Class IIb和Class III，不同等级的器械遵循不同的认证程序。

寻找认证机构： 选择一家认证机构作为您的技术文件审核和认证的合作伙伴。认证机构必须是欧洲的授权机构，并符合相关的法规和标准。

编制技术文件： 准备三晶片内窥镜摄像系统的技术文件，其中包括产品的技术规格、设计特点、材料、生产工艺、质量控制等详细信息。技术文件必须符合MDR的要求，并包含符合相应标准的测试报告和数据。

申请CE认证： 提交技术文件和相关申请给所选择的认证机构。认证机构将对技术文件进行审核，确保产品符合MDR的要求和相关标准。

进行现场审核： 在某些情况下，认证机构可能需要进行现场审核，以确保您的生产过程和质量管理体系符合相关要求。

颁发CE证书： 经过审核合格后，认证机构将颁发CE证书，确认您的三晶片内窥镜摄像系统符合欧洲的MDR CE认证要求。

维护和更新： 获得CE认证后，您需要继续遵守相关法规和标准，并及时更新技术文件，确保产品持续符合认证要求。