要办理角膜上皮掀瓣器在欧洲的MDR CE认证，您需要遵循以下步骤：

确定CE认证类别：首先，确定角膜上皮掀瓣器的CE认证类别，根据产品的风险等级确定是属于Class I, IIa, IIb还是III类。

找到认证机构：选择一家合适的认证机构，这是欧洲官方授权的机构，负责对医疗器械进行评估和认证。您需要与认证机构联系，并了解详细的申请要求和程序。

准备技术文件：根据CE认证类别的要求，准备完整的技术文件，包括产品设计和性能描述、生产工艺、材料成分、质量管理体系等。

进行风险评估：根据欧洲医疗器械监管的要求，进行产品的风险评估，确保产品符合相关的安全性和性能要求。

进行临床评价：根据产品的风险等级，可能需要进行临床评价，以证明产品的安全性和有效性。

填写申请表格：向认证机构提交CE认证申请表格，并提供所有必要的技术文件和资料。

进行审核：认证机构将对您的申请进行审核，并可能进行现场检查以验证产品的符合性。

发布认证：如果产品符合欧洲MDR CE认证的要求，认证机构将颁发CE认证，您就可以在欧洲市场销售您的角膜上皮掀瓣器。