在欧洲注册医疗器械时，如果与认证机构出现技术争议或疑问，制造商可以采取以下措施：

沟通协商：制造商可以与认证机构进行沟通协商，解释产品特点和设计理念，提供更多的技术细节和证据，以解决存在的争议或疑问。

技术文件准备：制造商可以准备更加详细和全面的技术文件，包括产品说明、性能评估、质量管理体系、临床评估等，以支持其产品符合相关法规和标准的要求。

寻求专业意见：如果制造商无法解决与认证机构的技术争议或疑问，可以寻求专业的意见和帮助。例如，可以咨询其他医疗器械制造商、专家学者或律师事务所，以获取更多的建议和指导。

提交申诉：如果技术争议或疑问无法通过沟通协商解决，制造商可以根据相关法规和程序，向欧盟委员会或相关国家监管机构提交申诉申请。申诉申请需要详细说明存在的争议或疑问，并提供充分的技术和法律依据。

总之，在欧洲注册医疗器械时，如果与认证机构出现技术争议或疑问，制造商需要保持冷静，积极沟通协商，并寻求专业的意见和帮助。如果无法解决争议或疑问，可以按照相关法规和程序提交申诉申请，以维护自身权益。