医疗器械在印度尼西亚获得BPOM认证是在全国范围内进行的，申请公司可以选择在印度尼西亚的任何地区进行认证申请。BPOM（印度尼西亚食品药品监督管理局）作为印度尼西亚的主要医疗器械监管机构，负责管理和审核整个国家范围内的医疗器械认证事务。

无论申请公司位于印度尼西亚的哪个地区，都可以通过向BPOM提交认证申请来开始医疗器械认证的流程。一般来说，申请公司可以选择在自己所在地或距离最近的BPOM办事处提交申请文件，并在整个认证过程中与BPOM的审核人员进行沟通和协调。

印度尼西亚的主要城市如雅加达、万隆、泗水等地都设有BPOM的办事处或分支机构，这些地区都可以处理医疗器械认证的相关事务。申请公司可以根据自身的需求和便利性选择最合适的认证地区进行申请。

无论申请公司选择的认证地区是在印度尼西亚的哪个城市，BPOM都会按照统一的标准和程序对医疗器械的认证申请进行审核和评估。这确保了在全国范围内获得的医疗器械认证具有一致性和可靠性，有助于维护医疗器械市场的规范和秩序，保障用户的健康和安全。