医疗器械菲律宾FDA认证的更新周期是指认证有效期到期后，企业需要重新申请并更新认证的周期。根据菲律宾FDA的规定，医疗器械的认证有效期通常为一至五年不等，具体的更新周期取决于产品的风险等级、注册类型以及监管要求等因素。

一般来说，菲律宾FDA对于风险较低的医疗器械产品可能给予较长的认证有效期，如三至五年，而对于风险较高或需要定期监测的产品可能给予较短的有效期，如一至两年。企业在申请医疗器械认证时，需要根据产品的特点和要求选择合适的认证有效期。

医疗器械菲律宾FDA认证的更新周期一般为认证到期前的一定时间内，企业需要提前准备并提交更新申请，经菲律宾FDA审核并批准后，才能获得新的认证有效期。具体的更新流程和周期可能因产品类型、变更情况以及监管要求的变化而有所不同。

在更新认证时，企业需要提交包括产品更新信息、质量管理体系更新、生产工艺变更等在内的相关资料和文件，并通过菲律宾FDA的审核和审批流程，确保产品的质量和安全性得到有效管理和监控。

综上所述，医疗器械菲律宾FDA认证的更新周期根据产品的风险等级和监管要求而定，一般为一至五年不等。企业需要在认证到期前提前准备并提交更新申请，确保产品的认证有效期得到及时更新，保障产品在菲律宾市场的合法销售和使用。