医疗器械在菲律宾FDA注册的申请费用取决于多种因素，包括产品的类别、风险等级、注册类型以及所需的服务和支持等。因此，无法提供一个确定的费用数字，费用可能因申请的具体情况而有所不同。

一般来说，医疗器械注册的申请费用包括以下方面：

注册申请费：这是提交注册申请时需要支付的费用，其金额可能因产品类别和风险等级的不同而有所差异。

变更通知费：如果在注册有效期内需要对注册信息进行变更，可能需要支付变更通知的费用。

续展申请费：在注册证书到期前需要提交续展申请，其费用通常比首次注册申请费用低。

其他服务费：菲律宾FDA可能提供其他服务和支持，如文件复印、文件翻译、技术咨询等，相应的费用可能会根据所需服务的不同而有所变化。

此外，医疗器械注册过程中可能还涉及到其他费用，如临床试验费用、技术评估费用等，这些费用通常由申请人自行承担。

值得注意的是，菲律宾FDA的费用结构和标准可能会根据市场需求和法规的变化而调整，因此申请人在提交注册申请之前应及时了解最新的费用要求。

综上所述，医疗器械在菲律宾FDA注册的申请费用取决于多种因素，具体费用需根据申请的具体情况而定，申请人应提前了解并准备相应的费用。