医疗器械在智利进行ISP认证时，申请提交流程通常包括以下几个主要步骤：

准备资料和文件： 首先，医疗器械企业需要准备认证申请所需的资料和文件。这些文件包括企业注册证明、产品技术文件、质量管理体系文件、产品检测报告、临床试验数据等。确保文件的完整性和准确性是申请提交的重要前提。

选择认证机构： 医疗器械企业需要选择合适的认证机构进行认证申请。可以选择智利公共卫生研究所（ISP）、智利国家标准化局（INN）或私营认证机构等。企业应根据产品性质、认证要求和服务质量等因素进行选择。

填写申请表格： 医疗器械企业需要填写认证机构提供的申请表格，并在申请表格中提供企业和产品的相关信息。确保填写准确、清晰、完整的申请表格是申请提交的重要步骤。

提交申请资料： 完成申请表格后，医疗器械企业需要将准备好的申请资料和文件提交给选择的认证机构。通常可以通过电子邮件或邮寄方式提交申请资料。在提交申请资料时，确保文件的完整性和规范性是至关重要的。

等待审核和审查： 一旦申请资料提交后，认证机构会进行审核和审查。这包括对企业资料和产品文件的审核，以及可能的现场审查安排。医疗器械企业需要耐心等待认证机构的审核结果，并根据需要配合进行现场审查。

接受认证结果： 审核和审查完成后，认证机构会向医疗器械企业发送认证结果。如果认证通过，企业将收到认证证书，并被允许在智利市场销售认证产品。如果存在不符合项，企业需要进行整改并重新提交申请资料。

更新和维持认证： 一旦获得认证，医疗器械企业需要及时更新和维持认证，确保产品持续符合智利的法律法规和技术标准要求。定期进行认证更新和年度审查是保持认证有效性的重要措施。

通过以上步骤，医疗器械企业可以顺利完成智利ISP认证的申请提交流程，并获得认证证书，为产品在智利市场销售提供必要的合法性和信任保障。