医疗器械在欧盟进行CE认证的申请耗时预估可以因多种因素而有所不同，通常取决于以下几个关键因素：

产品的复杂性：产品越复杂，涉及的技术文件准备、测试要求和评估过程可能越耗时。

所选择的合格评估机构：不同的合格评估机构可能有不同的审批时间和流程。一些机构可能有更快的处理时间，而另一些可能较为繁忙。

技术文件的准备情况：准备充分的技术文件能够加快审查和评估过程。缺乏或不完整的文件可能导致审查周期延长。

现场审核和测试要求：某些产品可能需要进行现场审核或样品测试，这些过程会增加整体的申请时间。

根据一般经验，医疗器械的CE认证申请通常可能需要几个月的时间，具体情况可能会在数月至半年之间。一些简单和低风险的产品可能能够更快完成，而复杂和高风险的产品则可能需要更长时间来确保符合所有法规和标准的要求。

建议在开始申请之前，与选择的合格评估机构沟通并了解他们的实际处理时间，以便能够更好地规划产品上市的时间表。