要申请医疗器械的CE认证，首先需要确定该器械是否需要进行CE认证，因为并不是所有医疗器械都需要进行CE认证。如果该医疗器械确实需要进行CE认证，那么以下是申请医用红外线治疗仪CE认证的一般步骤：

找到一家受欧洲委员会认可的认证机构（即所谓的“通知机构”）进行认证。可以在欧洲委员会的网站上查找通知机构的列表。

确认适用的CE认证模块。不同类型的医疗器械需要遵循不同的CE认证模块。根据器械的特性和风险等级选择相应的CE认证模块。

对医疗器械进行测试和评估。测试和评估的范围取决于适用的CE认证模块，可能包括器械的设计和制造、性能和安全性能测试、临床评价等。

编写和提交技术文件。技术文件应包括产品说明、测试和评估报告、制造和控制程序、标识和标签等信息，以证明器械符合相关的欧盟指令的要求。

由认证机构进行审核和认证。认证机构将审核技术文件并进行现场审核，蕞终发放CE认证证书。

CE认证注册，技术文件编写，欧盟授权代表等服务，欢迎详询陈经理。