吉尔吉斯斯坦NSM注册证是否需要在中国境内设立仓库取决于吉尔吉斯斯坦国家药品和医疗器械管理机构（NSM）的规定以及中国相关法规的要求。一般情况下，如果您打算在中国境内销售医疗器械，并且需要在境内进行存储和分销，那么可能需要在中国境内设立仓库。

在中国境内设立仓库可能涉及到一系列的法律法规、税务政策以及进出口手续等问题，需要按照当地的相关要求进行操作。建议您在决定是否在中国境内设立仓库之前，咨询中国相关部门（如中国国家药品监督管理局、海关、商务部等）以及吉尔吉斯斯坦NSM，了解他们的具体要求和规定。这样可以确保您的操作符合法律法规，并且顺利进行医疗器械的销售和分销。