根据欧盟MDR法规下，头颅磁共振仪CE认证的申请程序如下：

1. 确认设备类别：头颅磁共振仪属于IIb类医疗器械，需要进行CE认证。

2. 选择公告机构：选择一家获得欧盟认可的公告机构（如BSI、TUV等），进行技术文件评估和审核。

3. 编写技术文件：编写符合MDR法规要求的技术文件，包括产品说明、技术规范、制造工艺、生产检验和验证报告、风险评估和管理报告等。

4. 进行评估和审核：将技术文件提交给公告机构进行评估和审核，并按要求进行必要的测试和审查。

5. 建立技术文档：根据评估和审核结果建立符合MDR法规要求的技术文档，包括技术文件、使用说明书、标签和包装等。

6. 进行CE认证：经过评估和审核的技术文件和技术文档将被提交给欧洲委员会认证机构进行CE认证。

7. 获得CE标志：经过认证的头颅磁共振仪将被授予CE标志，表明符合MDR法规的要求，并可以在欧洲市场销售和使用。

需要注意的是，根据MDR法规，医疗器械的CE认证程序要求更为严格和细致，建议相关申请者在申请前详细了解相关要求和程序，以确保申请的顺利进行和成功获得认证。

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