越南VNMDAe认证的独立审核机构通常通过以下方式来保证审核的客观性和独立性：

1. 资质和认可: 审核机构必须经过越南相关机构的认可或授权，确保其具备执行医疗器械认证的资质和能力。

2. 专业审评团队: 审核机构会配备具有相关技术和法规背景的专业审评人员组成的团队，他们了解越南的法律法规和技术标准，并能够独立、客观地评估申请者提交的资料和信息。

3. 审核流程和标准化: 审核机构通常会遵循严格的审核流程和标准化的操作程序，确保每一步都符合预先设定的要求和准则，从而减少主观性和误判的可能性。

4. 审查和审批机制: 审核机构可能设有内部审查和审批机制，确保审评过程中的决策公正和透明。审评人员可能会相互审查，或者审批部门会对审评结果进行独立审查。

5. 客户反馈和改进: 审核机构可能会定期收集客户的反馈意见，以改进其服务质量和审核过程的有效性。这种反馈机制有助于确保审核的客观性和独立性。

总体而言，越南VNMDAe认证的独立审核机构通过严格的认证流程、专业的审评团队和定期的质量改进措施，努力保证审核的客观性和独立性，从而确保申请医疗器械认证的公正性和合规性。